Buenas.
Esos programas meten miedo, se cargan toda el area de DTCs, mapas que no tienen que ver con la EGR ni el DPF. Mejor es que busques por internet alguién que lo hiciera bien y con un damos ver lo que tiene modificado. Y antes de cargar el archivo resetea el DPF para que no tengas problemas.
Para hacer una copia completa de esa ecu necesitas leerla por BDM, una vez que tengas la copia de seguridad, carga por OBD tranquilo, sin BDM yo no me atravería a cargarlo por OBD.
un saludo